孫中山以革命生死觀鼓勵革命軍人的勇氣，我死則中華民國生；揚(yáng)不怕犧牲的精神，實(shí)現(xiàn)人之不死的價值。“精神者，革命成功之證劵及擔(dān)保也。”他強(qiáng)調(diào)精神的作用與功能，精神是革命成功的決定因素，物質(zhì)武器是次要因素。但無一定的物質(zhì)基礎(chǔ)，光有革命精神也不能成功。物質(zhì)與精神必相輔為用。

孫中山在西方文化的熏陶中接受了其自然科學(xué)思想，如生物進(jìn)化論、細(xì)胞學(xué)說及星云說等，結(jié)合中國傳統(tǒng)公羊“三世說”，將宇宙的進(jìn)化分為三個時期：物質(zhì)進(jìn)化期、物種進(jìn)化期、人類進(jìn)化期。關(guān)于物質(zhì)進(jìn)化時期，他說：“元元之時，太極（此用以譯西名“以太”也）動而生電子，電子凝而成元素，元素合而成物質(zhì)，物質(zhì)聚而成地球，此世界進(jìn)化之第一時期也。今太空諸天體多尚在此期進(jìn)化之中，而物質(zhì)之進(jìn)化，以成地球?yàn)槟康摹?rdquo;他用《周易·系辭傳》中的“易有太極”這一中國傳統(tǒng)哲學(xué)概念來釋義西方自然科學(xué)中的“以太”。在譚嗣同哲學(xué)理論思維邏輯結(jié)構(gòu)中，“以太”是作為“寂然不動”、“一而不二”的“仁”的“所以通之具”，即托言以太的溝通一切的、最精微的、中介性的特性，把自然界與人類社會統(tǒng)攝起來。孫中山與譚嗣同的區(qū)別在于，以太不是作為所以通的工具，而是作為所以然的太極本身，賦太極以形而上性。由太極（以太）的運(yùn)動而生電子，電子凝聚而成元素，元素聚合而成物質(zhì)，物質(zhì)匯聚而成地球，這便是物質(zhì)進(jìn)化的過程，并認(rèn)為當(dāng)今太空中的眾多天體還在此進(jìn)化之中。

孫中山認(rèn)為，自達(dá)爾文的《物種起源》一書出版以后，使進(jìn)化之學(xué)大放光明，他亦依歸于進(jìn)化，并以太極（以太）為其哲學(xué)理論基礎(chǔ)，由物質(zhì)進(jìn)化而進(jìn)入物種進(jìn)化時期。他說：“由生元之始生而至于成人，則為第二期之進(jìn)化。物種由微而顯，由簡而繁，本物競天擇之原則，經(jīng)幾許優(yōu)勝劣敗，生存淘汰，新陳代謝，千百萬年，而人類乃成。”所謂“生元”，即元始的生命，孫中山解釋為細(xì)胞。他說：“據(jù)最近科學(xué)家所考得者，則造成人類及動植物者，乃生物之元子為之也。生物之元子，學(xué)者多譯之為細(xì)胞，而作者今特創(chuàng)名之曰生元。”即取生物元始之意。由生元而進(jìn)化到人，按照物競天擇的進(jìn)化原則，經(jīng)漫長的優(yōu)勝劣汰、新陳代謝過程，物種由微到顯、由簡到繁的演變過程，最終而成人類。

對于人類進(jìn)化，孫中山認(rèn)為，人類初出之時，與禽獸沒有什么區(qū)別，“再經(jīng)幾許萬年之進(jìn)化，而始長成人性，而人類之進(jìn)化，于是乎起源。此期之進(jìn)化原則，則與物種之進(jìn)化原則不同，物種以競爭為原則，人類則以互助為原則。社會國家者，互助之體也；道德仁義者，互助之用也。人類順此原則則昌，不順此原則則亡。此原則行之于人類當(dāng)已數(shù)十萬年矣。然而人類今日猶未能盡守此原則者，則以人類本從物種而來，其入于第三期之進(jìn)化，為時尚淺”。人類進(jìn)化與物種進(jìn)化最大的區(qū)別，就在于一以互助為原則，一以競爭為原則。以互助為原則的人類社會，社會國家是互助的根本本體，道德仁義是互助的作用、表現(xiàn)。國家順互助原則就昌盛，逆此原則就滅亡。

由物種而進(jìn)人類，轉(zhuǎn)競爭為互助，才能建構(gòu)文明和合社會。人類進(jìn)化之目的，孫中山認(rèn)為：“即孔子所謂大道之行也，天下為公。耶蘇所謂爾旨得成，在地若天。此人類所希望，化現(xiàn)在之痛苦世界而為極樂之天堂者是也。”他把孔子和耶穌融突一起，說明人類普遍希望價值理想世界是一個化痛苦為極樂、轉(zhuǎn)塵世為天堂的世界。

從物質(zhì)進(jìn)化——物種進(jìn)化——人類進(jìn)化的演變，進(jìn)化的原則也隨之而變化。人類進(jìn)化之所以以互助為原則，而非以物種進(jìn)化的競爭為原則，是因?yàn)槿耸怯腥诵?、有智慧、有道德的人，而非禽獸。然而一些學(xué)者未能與時偕行，仍以物種進(jìn)化的物競天擇為原則來觀察社會，“而學(xué)者多以仁義道德，皆屬虛無，而爭競生存，乃為實(shí)際，幾欲以物種之原則而施之于人類之進(jìn)化，而不知此為人類已過之階段，而人類今日之進(jìn)化，已超出物種原則之上矣”。人的思想觀念，換言之“精神”，往往落后于進(jìn)化，由此可以得知“行之非艱”而“知之惟艱”。精神的智慧既度越物質(zhì)，而又支配物質(zhì)。雖然精神與物質(zhì)可相輔為用，但精神并非專恃物質(zhì)，而可獨(dú)立存在，這就凸顯了精神在孫中山哲學(xué)理論思維邏輯中的主導(dǎo)地位。之所以強(qiáng)調(diào)、突出精神的作用和價值，是其軍事實(shí)力、群眾基礎(chǔ)與其革命目標(biāo)之間的沖突所致。孫中山并沒有多少軍事實(shí)力，又無廣大群眾基礎(chǔ)，而只得求助于革命精神，發(fā)揚(yáng)主體戰(zhàn)斗精神，以實(shí)現(xiàn)其革命目標(biāo)。