其次，出現(xiàn)“樓頂養(yǎng)豬、綠化帶種菜”等獨特的社區(qū)現(xiàn)象。目前，在我國絕大部分農(nóng)村地區(qū)，農(nóng)業(yè)還是農(nóng)民主要的生產(chǎn)活動，庭院經(jīng)濟和家庭養(yǎng)畜還是重要收入來源，土地還是主要的保障手段，以村莊為主要形式的農(nóng)村村民點還是比較適合農(nóng)村村民居住和從事各種生產(chǎn)的。面對突如其來的“上樓”，很多村民特別是老年人難以在短時間適應(yīng)，加上與土地、牲畜間難以割舍的感情，部分村民就會選擇在樓頂或綠化帶等公共空間上開辟出“自家的領(lǐng)地”，用來養(yǎng)豬或種菜。

再次，鄉(xiāng)土關(guān)系弱化，村莊凝聚力下降，村民關(guān)系漸趨生疏。在以農(nóng)民集中居住為重要特征的新型農(nóng)村社區(qū)建設(shè)中，其中的重要環(huán)節(jié)就是村莊間的合并和外來人員的加入。伴隨著村莊的合并，原本以血緣、地域為紐帶的相對封閉的傳統(tǒng)村居格局被打破，原屬于不同村子的村民成為了共同的社區(qū)居民，這就弱化了村莊原有的鄉(xiāng)土關(guān)系。新型社區(qū)雖然改善了農(nóng)民的居住條件和生活環(huán)境，但社區(qū)中的高層住宅和防盜系統(tǒng)已經(jīng)不便于村民串門聊天，不便于村民間互幫互助，尤其是社區(qū)內(nèi)“公共空間越來越少，一些幸存的公共空間的功能也弱化了”，加上外來“陌生”人員的加入，舊有農(nóng)村中沾親帶故的溫情關(guān)系逐漸讓位于組織化、制度化的業(yè)緣關(guān)系，原有村莊共同體的凝聚力被削弱，村民間的關(guān)系也漸趨生疏、冷漠。不同村民間如何“住好”成為需要迫切解決的問題。

最后，如何管理并服務(wù)好超越村界的新型社區(qū)是新型鄉(xiāng)村治理面臨的一大挑戰(zhàn)。在村莊合并之前，原有村中已有本村的精英在管理村莊。現(xiàn)如今，新型農(nóng)村社區(qū)建設(shè)帶來的村莊合并，一方面帶來部分精英“領(lǐng)導(dǎo)”職務(wù)的丟失，另一方面新型社區(qū)的“領(lǐng)導(dǎo)”也不可能對所有的村莊都知根知底，新“領(lǐng)導(dǎo)”對社區(qū)的管理、整合能力可能不及昔日的族長。而且，新社區(qū)實行的依然是村民自治制度，這就可能引發(fā)精英們?yōu)橼A得社區(qū)管理控制權(quán)展開博弈，不僅影響、削弱了精英們自身力量的發(fā)揮，而且還致使農(nóng)村社區(qū)難以形成具有持久影響力、可以全心全意為村民服務(wù)的權(quán)威中心。因此，如何管理服務(wù)好超越村界的新型社區(qū)，將以村民自治為核心的傳統(tǒng)鄉(xiāng)村治理結(jié)構(gòu)嵌入到開放的新型社區(qū)建設(shè)之中，也是新型鄉(xiāng)村治理面臨的一大挑戰(zhàn)。此外，隨著新社區(qū)的建設(shè)，社區(qū)內(nèi)公共事業(yè)的投入不斷增加，事關(guān)村民生計的許多公共服務(wù)職能向基層不斷延伸，鄉(xiāng)村治理的外延逐漸擴大，如何承接這些任務(wù)、保障好公共服務(wù)的供給是鄉(xiāng)村治理面臨的新挑戰(zhàn)。

“空心村”治理面臨的新挑戰(zhàn)。首先，影響村民政治參與的效果。目前，農(nóng)民主要以村民自治的方式參與村級公共事務(wù)管理，村民自治作為擴大農(nóng)村基層民主的偉大創(chuàng)舉，在保障農(nóng)民民主權(quán)利、組織鄉(xiāng)村建設(shè)等方面都發(fā)揮了積極作用。但“空心村”的出現(xiàn)及大量存在使得村民自治的效果大打折扣。一方面，大量農(nóng)村青壯年勞動力向城市轉(zhuǎn)移，且常年在外，使得村治權(quán)力難以觸及到治理對象；另一方面，由于外流的大多是能力和學(xué)歷較高的年輕人，留守人群以老弱、婦女和兒童為主，農(nóng)村面臨人力資本流失、人才短缺的困境，給村級管理人才的補給和更新帶來了困難，某些村莊甚至找不到合適的村干部人選。空心化或半空心化的情況下，僅靠留守婦女、兒童和老人很難進行有效的民主決策和村莊建設(shè)，部分地區(qū)甚至出現(xiàn)民主選舉時只剩老人、婦女投票的現(xiàn)象。較高素質(zhì)人才的大量流失使得村干部素質(zhì)結(jié)構(gòu)和村級選舉有效參與率不斷降低，這都影響了村民政治參與的效果。此外，這種情況也很難保障全體村民的權(quán)利。僅靠老人、婦女、兒童不能有效監(jiān)督村官權(quán)力；村民的政治參與度低導(dǎo)致村民的意愿得不到充分尊重；外出村民的知情權(quán)得不到保障等。

其次，影響村中的治安狀況。農(nóng)村青壯年勞動力的大量外流，導(dǎo)致農(nóng)村人口結(jié)構(gòu)比例嚴(yán)重失調(diào)，其安全保障體制也必然面臨新的挑戰(zhàn)。近年來，隨著農(nóng)村青壯年勞動力的大量外出，“空心村”內(nèi)治安出現(xiàn)很大問題，盜割電纜，盜竊家電、糧食等案件頻發(fā)；農(nóng)戶為脫貧致富而圈養(yǎng)的牛羊豬、雞鴨鵝等牲畜和家禽也難以幸免。由于家中只剩老人、婦女和小孩，即使在正面遇到類似情況時，家中成員也無法上前制止，或者出于對自身安全的考慮，只能眼睜睜看著事件發(fā)生。 

再次，影響公共服務(wù)的供給。在留守老人和婦女占大多數(shù)的“空心村”，傳統(tǒng)垂直的線性行政管理方式很難提供深入細致的公共服務(wù)，無法從長遠上滿足農(nóng)村困難群體對公共服務(wù)的需求，這既有農(nóng)技服務(wù)供給的缺失（如農(nóng)田水利設(shè)施老化、年久失修等）和公共衛(wèi)生服務(wù)的供給缺失（好多“空心村”內(nèi)環(huán)境“臟、亂、差”，垃圾遍地、雜草叢生、污水橫流），也存在原有道德秩序、糾紛調(diào)處以及心理疏導(dǎo)機制的缺失等社會工作服務(wù)方面的問題。

最后，對留守老人和婦女的幫扶缺失。青壯年男性勞動力的大量外出，給留守婦女留下了難題：照顧老人和子女的負擔(dān)加重、夫妻情感和精神慰藉缺失等。部分留守老人因得不到子女的生活照料和精神慰藉面臨生活困難，甚至生命安全都受到極大威脅。近年來，關(guān)于留守婦女和留守老人被強奸和自殺的新聞頻頻見諸報端。